ইজ্জতনগরের ICAR-Central Avian Research Institute (আইসিএআর-কেন্দ্রীয় পক্ষী গবেষণা ইনস্টিটিউট, কারি)-র বিজ্ঞানীরা International Livestock Research Institute (আন্তর্জাতিক প্রাণিসম্পদ গবেষণা ইনস্টিটিউট, আইএলআরআই)-এর সঙ্গে ভারতের লাল বনমোরগ Gallus gallus murghi-র ডি নোভো ক্রোমোজোম-স্তরের জিনোম অ্যাসেম্বলি তৈরি করেছেন, ইনস্টিটিউটের বর্ণনায়, পক্ষী-জিনোমিক্স, দেশি হাঁস-মুরগি সংরক্ষণ ও জিনসম্পদ চরিত্রায়ণে উল্লেখযোগ্য অগ্রগতি।
প্ল্যাটিনাম-মানের অ্যাসেম্বলিটি প্রায় ১.১২ গিগাবেস, জিনোম-পূর্ণতা ৯৯.২ শতাংশ, আর মুরগির জিনোমের ৪০টি ক্রোমোজোমই ঢাকে: ৩৮টি অটোজোম, নয়টি ম্যাক্রোক্রোমোজোম, ১৯টি মাইক্রোক্রোমোজোম ও দশটি ডট ক্রোমোজোম, সঙ্গে জেড ও ডব্লিউ লিঙ্গ-ক্রোমোজোম। কন্টিগ এন৫০ ৩৬.৫৫ মেগাবেস ও স্ক্যাফোল্ড এন৫০ ৯১.৪ মেগাবেস ক্রোমোজোম-স্তরে এর ধারাবাহিকতা দেখায়।
রেফারেন্সটির উদ্দেশ্য এই পূর্বপুরুষ পক্ষী-প্রজাতির জিনগত বৈচিত্র্য ও বিবর্তনের ইতিহাস বোঝা আর বিশুদ্ধতা ও সংমিশ্রণের জিনোমীয় চিহ্ন শনাক্ত করা, যা লাল বনমোরগ সংরক্ষণকে শক্ত করবে। পুরো ডেটাসেট এনসিবিআই বায়োপ্রজেক্ট PRJNA1301553-এর অধীনে জমা ও প্রকাশ করা হয়েছে।
আইসো-সিক ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিংয়ে সামগ্রিক ম্যাপিং হার ৯৭.৯৭ শতাংশ, ৬,৪৪,৮৬৯ রিডের ৬,৩১,৭৯৫টি ম্যাপ হয়েছে, আর aves_odb10-এর বিপরীতে বাসকো বিশ্লেষণে ট্রান্সক্রিপ্টোমীয় পূর্ণতা ৯১.৫ শতাংশ; স্ট্রিংটাই জিন-মডেলে SQANTI3 দিয়ে ৫,৯৩,৬২২ লোকাসে আইসোফর্ম চরিত্রায়ণ, আর CPAT, CPC2 ও RNAsamba-র সম্মিলিত ছাঁকনিতে ২,৩৪,৬৮৩টি সম্ভাব্য দীর্ঘ নন-কোডিং আরএনএ শনাক্ত, প্রোটিন-কোডিং ট্রান্সক্রিপ্ট eggNOG-mapper দিয়ে টীকাযুক্ত।
RepeatModeler ও RepeatMasker দিয়ে ডি নোভো রিপিট আবিষ্কারে জিনোমের ১৫.৫৭ শতাংশ, ১৬৬.৮ মেগাবেস, শনাক্ত ও সফট-মাস্ক করা হয়েছে, যা ইনস্টিটিউটের মতে গৃহপালিত মুরগির উৎস এই পাখিতে ট্রান্সক্রিপ্টোমীয় ও কার্যকরী জিনোমীয় কাজের মজবুত ভিত্তি।
সূত্র: আইসিএআর
মন্তব্য
(০)